Para determinar la mejor opción para el transporte y almacenamiento del hidrógeno, hay que considerar varios factores: el caudal producido, la distancia desde planta de producción hasta puntos de consumo, la complementariedad de usos finales, la idoneidad para el acondicionado final y el uso en los diferentes tipos de consumos. 

Las alternativas que existen actualmente para el transporte y almacenamiento de hidrógeno son el almacenamiento físico, hidrógeno comprimido, hidrógeno licuado o mediante materiales adsorbentes, y el almacenamiento químico mediante compuestos portadores de hidrógeno o hidruros químicos, como el amoniaco o los LOHC (Liquid Organic Hydrogen Carriers), y mediante hidruros metálicos. Además, la seguridad es una parte fundamental y de importante relevancia en esta sección.